家禽の食道、素嚢に寄生する種類（穿通毛細線虫、有環毛細線虫、捻転毛細線虫）では、これらの消化管粘膜に肥厚、腫脹、壊死、剥離などがみられます。
素嚢は拡張し、内に汚濁物を容れ悪臭を放ちます。
病鳥は食欲不振、元気消失、衰弱して羽を下垂しじっとしています。食道、素嚢の通過障害がみられ、口を開け首を振る仕草が見られます。
咽頭部にまで病変があると、呼吸困難から異常呼吸音が聞かれます。家禽の小腸上部（鶏小腸毛細線虫、扁尾毛細線虫）、盲腸（アヒル毛細線虫：小腸にも寄生、キジ毛細線虫）に寄生する種類では、重度寄生によってカタール性・出血性腸炎が生じ、食欲不振、元気消失、衰弱、貧血し、水様性・粘血液性の下痢がみられます。
幼鳥では、コクシジウムの合併感染によって症状は悪化します。
肺毛細線虫は犬、キツネ、猫の気管、気管支に寄生し、重度寄生によって気管・気管支を、また、激しい場合は細菌の二次感染も加わって気管支肺炎を生じます。
軽度寄生では症状は明らかではありませんが、重度寄生では、咳、ラ音、呼吸困難、鼻漏などの症状が現れます。
C.plica（犬、キツネ）とC.felis-cati（猫）は膀胱粘膜に前体部を差し込んで寄生しますが、病原性は低い。重度寄生では粘膜の肥厚、浮腫、出血がみられ、排尿困難、頻尿、二次感染の症状が現れ、尿沈渣に異常も認められます。
一般には症状は認められず、検尿時に偶然に虫卵が検出されて寄生が確認されたり、また、剖検時に発見されるのが殆どです。
肝毛細線虫はネズミ、犬の肝臓に寄生します。肝臓表面に虫卵による黄白色不規則な小斑点または斑紋が認められます。動物での病害は明らかではありませんが、ヒトでは発熱、肝腫、脾腫、貧血、好酸球数増加、肝機能不全が知られています。
毛細線虫症または毛体虫症の予防
虫卵、特に幼虫形成卵は、鞭虫卵と同様に環境諸条件に対して強い抵抗性を示します。また、虫卵の発育には充分な酸素の供給を必要とするので、地表近くで、しかも湿度の高い場合は虫卵は数年にわたって生存する可能性があります。
したがって乾燥させることが特に必要です。
家禽の毛細線虫感染を予防するにはバタリー・ケージ飼いが推奨されますが、直接感染する種類の撲滅は困難です。中間宿主としてミミズを介する種類は、バタリー・ケージ飼いで予防できますが、平飼いでは鶏舎内・外の土壌中のミミズ駆除を行う以外になく、予防は困難です。
肺毛細線虫の予防には畜舎内の排泄物処理、洗浄、乾燥など厳重な衛生管理を行い、疑わしい病畜は隔離します。
