小円虫類の成虫は盲腸、結腸内に寄生しています。
大円虫類はおおきな口腔に腸粘膜を深く吸引して吸血しますが、小円虫類は腸粘膜表層に咬着して粘膜を食し、ほとんど吸血を行いません。
また、幼虫期に腸管外への体内移行も行わず、単に腸壁内に侵入して結節内で発育するにとどまるので、病害の程度は少ない。
しかし、大腸粘膜に侵入する小円虫類の幼虫が多数（数千または数万匹）の場合は、侵入幼虫に対する細胞性反応や腸出血、潰瘍をひきおこし、カタール性・出血性大腸炎の原因となり、子馬では下痢、貧血、浮腫、栄養障害、疝痛などの症状が現れます。
毛線虫亜科の小円虫の寄生は、時として数千匹に達することがあります。その幼虫は、大腸の出血性炎をひきおこし、子馬は血便、慢性貧血、栄養障害、下痢および疝痛症状を表し、しばしば著しい病害を与えます。
細頸円虫T.tenuicolis、鋸歯円虫T.serratusも寄生数が多ければ同様な症状を生じますが、どの種類も単独寄生することはなく、大円虫類の各種と混合寄生して症状を表します。
その他の馬の小形腸円虫症の予防
Strongylus属の円虫類の場合と同様ですが、毛線虫亜科の感染幼虫は円虫亜科のものより抵抗力が強く、したがって乾草給与の馬でもその寄生がみられます。
